Tercera temporada

Los Castillo regresan a casa junto a Blanca, la hija de Jimena, que les advierte que no pueden seguir en Valle Perdido, porque ha tenido una predicción de futuro, y sabe que si se quedan ahí, todos morirán. La familia, alarmada por la niña, intenta escapar, pero sus predicciones les advierten de que no hay salida posible, ya que de una forma u otra, el final es el mismo. Entonces, Jimena se da cuenta de que la única solución para salvarles es que se separen, y así se lo hace saber a Mario, quien se da cuenta de que no puede hacer nada para que su amada cambie de idea. Así, sin que los niños lo sepan, todos pasan juntos su última noche, porque a la mañana siguiente, partirán sin Jimena ni Blanca, que buscarán ayuda para cruzar el río y marcharse para siempre.
En su partida, Mario y los niños se encuentran con Padre, que intenta matarles. Ahí interviene Jorge, otro niño con poderes que tiene la capacidad de matar y resucitar a la gente, y así lo hace con Padre delante de todos. Viéndole morir, todos se dan cuenta de que ya no hay peligro, porque con Padre muerto, ya nadie les persigue. Corren a buscar a Jimena para avisarle de que no tiene que irse, pero ya es muy tarde. Sin embargo, todo estaba planificado por Padre, ya que al regresar a la casa, Jorge le vuelve a resucitar. Momentos después, Madre aparece por primera vez en la serie, y Padre pretende contarle su plan ahora que los Castillo le creen muerto. Pero Madre tiene mejores intenciones para él, así que ordena a Jorge que le mate, quedándose ella al mando de todo.
Ahora los Castillo regresan a sus vidas, ocultando sus poderes igualmente, pero creyéndose libres y sin problemas, así que bajan la guardia. Esto es lo que Madre aprovecha para enviar a dos nuevos secuaces, Martín y Michelle, que se harán pasar por hermanos ante los vecinos del pueblo. Ella, que tiene el poder de controlar a los bichos, se convertirá en la mejor amiga de Sandra, consiguiendo que confíe en ella más que en nadie ahora que no puede contar con Jimena, y Martín le dará trabajo a Mario en un nuevo bar que supuestamente él y su hermana han abierto en Valle Perdido, de forma que ambos pretenden acercarse cada vez más a la familia.
Otro nuevo personaje en la serie es Julia, que llega a Valle Perdido para ejercer de nueva directora en el colegio. Hasta que la serie no avanza, no sabremos sus intenciones, pero Mario comienza a desconfiar de ella, ya que no ha sabido hacer muy bien su papel. Los movimientos de Julia son guiados a través del teléfono por una mujer que le pide que se acerque lo más que pueda a los Castillo y se gane su confianza. Más tarde sabremos que esta mujer es su madre, y que Julia es hija de Humberto, el anciano con Alzheimer que tanto conoce Ana. Julia solo tiene el propósito de cuidar y proteger a los niños especiales, porque se siente culpable de que ella y su padre, buscando antídoto para Darío, su hermano enfermo, hicieran algo horrible, aunque no desvela lo que es. Aún así, se intuye que tienen algo que ver con los poderes de los chicos. Sin embargo, Julia ha vivido muchos años creyendo que su padre murió en el incendio del laboratorio que él mismo provocó, y del que ella salió ilesa gracias a su madre.
Por su parte, Leo, sigue con fiebres altas y experimentando comportamientos extraños, desde que se pinchó con la planta mágica de Humberto en su laboratorio. Sin él saberlo, su madre (Ana) muere, tiroteada por Martín al intentar protegerle, aunque él cree que está de viaje. Poco después descubrirá que Culebra y los demás tienen poderes, y que lo que a él le ocurre es que está experimentando también una especialidad, pero no se sabe cuál es hasta que la manifieste. De esta forma se alía con Culebra, para buscar información en todos los papeles que encuentran y tratar de dar con la respuesta. Provocado por Michelle, sin saberlo, Leo experimenta su poder, puede parar el tiempo, y descubre que en Villa Dorita pueden haber soluciones. Allí se dirige con Culebra, pero la casa amenaza con caerse, así que Leo para el tiempo y consigue que ambos salgan de allí con vida, acompañados por Sandra, que les persigue alertada por Lucía, ya que encuentran a Culebra muy extraño y no quiere contar nada. Sandra descubre que Culebra lo está haciendo todo por ella, busca la cura para los poderes para que ella vuelva a ser feliz, pero no le quiere contar nada para no hacerle ilusiones sin motivo. Tal y como él mismo se lo dice en pleno derrumbe, no puede vivir sin ella. Los tres chicos consiguen escapar, pero más tarde, al buscar ayuda en un coche que pasa (conducido por Martín y con Humberto dentro), éste atropella a Culebra, que no tiene fuerzas siquiera para respirar. Leo corre a pedir ayuda, lo que da tiempo a que Sandra y Culebra, casi sin aliento, se despidan entre lágrimas, cuando él le dice que ya es hora de que hablen (pues ella se lo venía pidiendo). Tras decirle: "Sandra, te quiero", Culebra muere en sus brazos. Entonces, la chica, llena de rabia e impotencia, lanza una descarga eléctrica hacia el cielo, que provoca una enorme lluvia, invadiendo de tristeza a todo Valle Perdido.

Leo logra retroceder el tiempo y salva a Culebra y vuelve a vivir.
Culebra deja de investigar por que cree que si sigue, Sandra morirá. Pero Sandra necesita investigar, necesita una cura, y decide investigar con Lucas, dónde consigue una caja con un disco de vinilo, en el que Humberto dice que hay una cura. Con la ayuda de Carlitos y Lucia, Mario y Julia se besan.
Culebra empieza una relación con Michelle, que se termina enamorando de él. Sandra investiga por su cuenta, pues Lucas se ha ido con su familia, pues tuvieron un accidente, pero en realidad está con Madre. Sandra sigue a Julia, y descubre la asociacion "Los Protegidos". Sandra y Julia salvan a Lucas, y Julia les dice a ellos dos que no pueden decir nada.
Culebra se va con Michelle de Valle perdido, pero ve que no puede olvidarse de Sandra y se queda. Cuando Julia llega a casa, Mario le pide explicaciones por unos archivos que tiene de sus hijos, y la echa de casa. Culebra se declara a Sandra por telefono, y esta le va a besar, pero no puede, a si que ambos se quedan cerca contemplando el árbol de navidad.
Cuando se van a dormir, Sandra descubre una flor de la planta mágica que curaría sus poderes, lo cual le devuelve la esperanza.